结晶是天然纯净蜂蜜的自然属性，新蜜从蜂箱出来后，通常情况下为液态，随着存储环境的温度和湿度发生变化，多数蜂蜜都会逐渐结晶，由液态变为黏稠的糊状，结晶程度大的甚至出现结块现象。当环境温度回升到30摄氏度以上时，结晶蜜会逐渐融化（但恢复不到最原始的状态）。
因蜂蜜的蜜源不同，结晶的程度也有所差异，个别蜂蜜非常不容易结晶，温度较低的状况下仅出现半结晶或变黏稠。如椴树蜜结晶细腻，乌桕蜜结晶颗粒粗。同一种蜜源的蜂蜜，蜂蜜浓度高的结晶紧密而细腻，浓度低的则结晶松散、粒粗。
不良商贩为了谋取利益，有在低品质蜂蜜中人工制造结晶现象，这种结晶一般由蔗糖而来，可用如下两个简单的方法综合识别：
1.取结晶蜂蜜少许，放于舌尖，然后含在嘴里，能感到逐渐自然融化，则为蜂蜜天然结晶，如果融化很慢并有过硬的沙粒感，则可能是问题蜜。
2.取少许蜂蜜，放于左手背，然后用右手背在左手背上轻轻按摩，会感到结晶由小颗粒逐渐变无，接触皮肤的感觉由细小沙粒状逐渐变得滑润，则为天然结晶。因此蜂蜜也常被用作化妆品的原料之一。