蜂毒疗法虽然有良好疗效，但如前所述并非任何时候与任何部位均适宜蜂毒治疗。初期及末过反应期的患者，宜用少量蜂毒;已渡过反应期的患者，蜂毒用量可大。而且治疗要注意蜂毒疗法的部位。
1.注意治疗的时间与部位
在面部穴以少刺为佳，一则在头部，反应较大而迅速，尤其是末过反应期的患者，易产生强烈反应，影响生活与工作;二则头部穴针后如果肿胀，影响面部美观;三是由于蜂针刺后大部分人的局部会有色素沉着，虽然该色素沉着是为可消退和可逆性的，但却不易很快消退。初期反应期间，以肌肉丰富处及四肢伸侧面为佳，因屈侧面，尤其是关节部位，易妨碍关节的活动，影响生活。

2.严格控制使用的蜂毒
蜂毒疗法虽然对许多疾病有良好疗效，但并非多多益善，任何药物，多则为毒，少则为药，必须严格控制蜂毒量。蜂毒量不应该贪多求快，人体的耐受性是有一定限度的，并不是蜂毒量越多，病就越容易好。
蜂毒治疗的疗效与蜂毒液刺激数量并不呈正比，有的患者每次1-2只蜂针毒液就可见效;但有的患者，50-60针似乎也难以满足其要求。蜂毒量过大，可影响机体的免疫功能，超过机体的解毒能力，易出现过敏反应。
3.防止不良反应产生
对于接受蜂毒疗法的病人，治疗前要消除其紧张。对过饥、过疲、大汗、重病体虚、大失血、血糖低等情况的患者，要防止晕针等不良反应的发生。
如遇瘙痒，不应用手去抓挠，以免损伤皮肤，造成感染。
为了避免过敏反应的发生、在初期的反应期内，应在蜂毒治疗后，让患者在蜂疗室内留观30分钟，如出现反应可即时对症处理。
4.严重过敏患者要遵医嘱，或及时送医院处理。
蜂毒疗法过敏反应的轻重，主要取决于人体本身的内在因素，而不是疗效好坏的指标，反应的轻重可以作为掌握治疗时间及蜂刺数星的依据。临床上只要严格遵守蜂毒疗法的操作规程，使用蜂毒疗法是比较安全的。
5.注意蜂毒的种类
蜂的种类较多，如蜜蜂、胡蜂、黄蜂、马蜂等;同样是蜜蜂也有中华蜜蜂与意大利蜂等种类的不同，因此其产生的蜂毒质与量部必然有差异。如蜜蜂毒引起超敏反应的磷酪酶A2的分子量为18500，而胡蜂与黄蜂的是35000;蜜蜂的透明质酸酶分子量为20000，而后者为45000。蜜蜂有过敏原Ollerfgen-C，而后者有Antigen5。况且蜜蜂毒偏酸性，黄蜂毒偏碱性。故在治疗时，要注意蜂毒的特性与种类。
6.正确对待过敏反应
要帮助病人消除对蜂疗的恐惧心理，让其树立信心，坚持治疗，就容易出现良好的疗效。对于初期的过敏反应，一方面医生应该尽量避免出现过敏反应，尤其是严重的反应;另一方面，让患者意识到这些反应只是暂时的，坚持治疗就会反应减弱，甚至消失。
尤其是对一些顽固件疾病，更不是一朝一夕就能治愈，而要经过较长的时间.才可见到明显效果。