蜂蜜虽有补脾胃、润肠、润肺、解毒等功效，但来自不同蜜源植物、不同品种的蜂蜜，其药理作用也不相同。因此，应了解各种蜂蜜的特性与滋补功能，做出合适的选择，针对食用蜂蜜人群的具体状况，为其找出最适合的蜂蜜。
荆花蜜、紫云英蜜、黄连蜜、枇杷蜜、槐花蜜是祛火的;雪脂莲蜜(苕子蜜)、野玫瑰蜜、益母草蜜具有美容养颜的功效;柑橘蜜、枸杞蜜、枇杷蜜对肺很有好处;椴树蜜有利尿、通便的功效;桂花蜜、枣花蜜、柑橘蜜、五味子蜜、芝麻蜜对胃有好处;龙眼蜜、五味子蜜、枣花蜜，最好是蜂王浆，对治疗失眠有好处;菜花蜜有行血破气，消肿散结的功能，和血补身。

所有的蜂蜜都有通便的功效，能促进机体新陈代谢，选对食用方法将会使蜂蜜的功效增强，蜂蜜最好的食用方法是“生吃"，即直接食用，无需用水冲服，以保全营养成分不被损坏。另外，蜂蜜的存放最好不要超过3个月，虽然蜂蜜不容易腐败，但保存过长时间，对蜂蜜里的营养物质会造成一定的破坏。
蜂蜜本身有很丰富的营养，在食用过程中要保护蜂蜜中的营养成分，为保证营养素及其成分不被破坏，蜂蜜最好使用40。C以下的温开水或凉开水稀释后食用。因为开水会破坏蜂蜜里面的特有的成分——蜂酶，而蜂酶的含量是评价蜂蜜质量的重要指标。食用蜂蜜不仅要考虑稀释蜂蜜的水温，蜂蜜食用时间也是有讲究的，不适宜的时间，食用蜂蜜会降低蜂蜜中有效成分的利用率。最好在饭前1小时或饭后2～3小时食用比较适宜。胃肠道疾病者，则应根据病情确定食用时间。