蜂蜜保存宜放在低温避光处。由于蜂蜜是属于弱酸性的液体，能与金属起化学反应，在贮存过程中接触到铅、锌、铁等金属后，会发生化学反应。因此，应采用非金属容器如陶瓷、玻璃瓶无毒塑料桶等容器来贮存蜂蜜。
蜂蜜在贮存过程中还应防止串味、及湿、发酵、污染等。为了避免串味和污染，不得与有异味物品(如汽油、酒精、大蒜等)腐蚀性的物品(如化肥、农药、石灰、碱、硝等)或不卫生的物品(如废品、畜产品等同储存)。

蜂蜜的保存期目前国家规定瓶装蜜保质期18个月。但封盖成熟浓度高的蜂也能保质多年。但吃蜂蜜新鲜为好，因新鲜蜜一般色、香、味口感较好。
蜂蜜放久了会变质，表现为两个方面：一是味道变得交酸，二是变得较为稀(正常蜂蜜非常粘稠，上等的桂花蜜甚至可以用干净的纸来包，而不是用桶或瓶来装，可见其粘稠程度)。蜂蜜变质主要是温度升高所致，因此冰箱可以解决这一问题。蜂蜜上面出现很多灰色的泡泡，表明蜂蜜里某部分有机物分解，化为气体溢出，此时，即使蜂蜜尚未变质，但营养价值已经降低。
1蜂蜜买回家后，用陶瓷、无毒塑料等非金属容器贮存，不能用铁容器！蜂蜜宜放在阴凉、干燥、清洁、通风、温度保持5～10℃、空气湿度不超过75%的环境下。
2蜂蜜应密封保存，取用蜂蜜的工具应洗净擦干，防止水分进入，蜂蜜中溶入水分容易发酵变质。
3好的蜂蜜在15～18℃以下时一般能够结晶，变成白色或淡黄色结晶体。
4蜂蜜不能和葱一起食用。
5蜂蜜宜用40度以下的温水冲服，过高的水温会破坏蜂蜜的营养成分。过热会使蜂蜜中的酶失活，维生素损失。
6通常，浅色蜜比深色蜜的质量要好，但是深色蜜比浅色蜜含有较多功能矿物质。