蜂蜜主要成分中也含有氨基酸、蜂蜜中含有丙氨酸、精氨酸、谷氨酸、天门冬氨酸、组氨酸、赖氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、丝氨酸等，某些蜂蜜中还含有胱氨酸。
蜂蜜之所以会发酵，除了本身含有机酸外，主要是耐糖性酵母菌活动的结果。由于耐糖性酵母菌在适合它繁殖的条件时就大量繁殖，分解蜂蜜中的糖分，产生酒精而发酵，有二氧化碳形成，以至表面形成泡沫，也就是蜂蜜发酵。
蜂蜜中还有其他成分，如芳香物、胶体物质等、不同的单花蜜具有不同的颜色、香气和味道，就是因为它含有不同的芳香性成分。芳香性的物质主要是醇和醇的衍生物——醛、酮及其相应的酯。蜂蜜的成熟过程中通过发酵作用形成、一般说来，蜂蜜的香味与花的香味是一致的。
蜂蜜的胶体物质是存在于液体内永远分散的大、小分子的集合体、它们既不能沉淀，又不能被普通的过滤介质滤出采；它们介于真溶液和悬浮液之间、胶体物质是由蛋白质、戊聚糖类和无机物所组成。它们对蜂蜜性质有一定的影可能起泡沫，影响蜂蜜的颜色和混浊度。此外，蜂蜜中还有其他活性物质，因为它们具有特殊的生物活性，即蜂蜜中有这些物质存在时，有生命的物质会对它们起一定的反应。