从蜂巢中直接倒取的蜂蜜，因为含有杂菌，所以不建议直接食用。真正优质的原生态蜜，也是需要加工后食用的，这样才更安全。
现在市面上最好的蜂蜜品种是原生蜜，又称原生态蜂蜜，即是蜂蜜采集后只经过过滤除杂，经过冷杀菌工序，把杂菌滤除，然后即刻装瓶上架销售的蜂蜜。这种蜂蜜比传统的经过加热浓缩的蜂蜜保健作用更好，因为没有加热破坏蜂蜜中的营养物质，大部分营养被保留下来了。
原生蜜采集的蜂蜜都是优质蜂蜜，因为没有浓缩过程，所以必须采集天然成熟的蜂蜜，这种蜂蜜酿造时间长，产量低，成本高，售价也相对贵一些。