蜂毒肽发挥其众多功能的主要机理是因为蜂毒肽可以使细胞膜的透性增加,细胞内容物泄露,细胞裂解,所以蜂毒肽与天然或是模型膜的作用成为蜂毒肽研究的热点。Benachir等利用钙黄绿素作为荧光标记物,系统研究了蜂毒肽诱导的膜渗漏。他们认为蜂毒肽与囊泡的结合会非常迅速，因为在蜂毒肽作用几分钟之后,内容物的流出达到最大值,并且停止;而且蜂毒肽诱导的磷脂双分子层的裂解的发生机制是“全或无”，也就是说蜂毒肽作用下,有的囊泡的内容物全部释放,而有的则保持完整,没有渗漏,这与Schwarz等观察的一致。内容物释放的比例与蜂毒肽/脂质的摩尔比率有关,只有达到一定量的蜂毒肽才可能有内容物渗出。更为特别的是蜂毒肽可以区别出完整的和已经有物质渗出的囊泡,说明这两类脂质双分子层的性质有很大的不同。

他们还用一个简单的统计学模型得出:大约每个个体上结合250个蜂毒肽分子是诱导渗漏的最小量,这表明渗漏很可能是由于蜂毒肽以聚集的方式作用于双分子层,而不是在双分子层上形成一个个完整的孔洞。Shai等也认为其作用机制可能是聚集在膜表面才引起透性的增加,类似去垢剂的作用方式。蜂毒肽整个分子带有6个正电荷,由于静电作用,蜂毒肽对于带负电的脂质的亲和力较带两性电荷的强很多。但是亲和力强却不一定说明裂解细胞的作用也一定强。最近有很多报道认为,微粒表面的负电荷可以抑制蜂毒肽对细胞的裂解作用,Benachir等的工作表明卵磷脂双分子层表面负电荷的存在对蜂毒肽的裂解能力有抑制作用,并且与负电荷的密度成一定比例。这可能是由于静电作用吸附蜂毒肽,而不能更加深入破坏囊泡而形成渗漏。