1、 医药上的应用
蜂毒肽具有抗肿瘤的作用，Kubo 发现蜂毒肽可杀伤 K562 和 HL-60 细胞Winder 等将携带有蜂毒肽两种前体的基因导入人膀胱癌衍生细胞系中，再克隆到无胸腺小鼠中。结果表明，蜂毒肽表达使克隆的致癌性降低或完全丧失。因此以载体介导的方法将蜂毒肽基因释放入肿瘤细胞，对癌症的基因治疗是有效的。

Wachinger 等报告了蜂毒肽在亚中毒剂量时，对 HIV-1 在急性感染细胞中的复制和基因表达的影响，表明蜂毒肽可以通过抑制 HIV-1 基因的表达而抑制 HIV LT R 的细胞相关产物。说明蜂毒肽可以应用于抗爱滋病的研究治疗中。相对抗生素，抗菌肽具有抗菌谱广、低浓度下发挥作用、不易使微生物产生抗性，以及可以合成不同于自然肽的类似物等优势，而蜂毒肽作为抗菌肽的一种，很可能成为新一代抗生素的理想候选者。
2、作为农药的潜力
蜂毒肽是一种天然抗微生物肽。它可以抵御多种病原物的侵染，具有抗细菌、真菌的作用，同时蜂毒肽对一些害虫也具有较强的毒性。所以蜂毒肽可以成为天然的生物农药。如果运用基因工程技术，将蜂毒肽基因转入到农作物中，获得的转基因植物将既可以抗虫，又具有抗病效果。
3、 膜研究工具
由于蜂毒肽结构已知和分子量较小，又因为蜂毒肽分子具有很强的表面活性，它能立即在水溶液中形成膜，并能很快扩散开来，还能够通过卵磷脂膜和混合脂膜，其通透的速度为任何表面活性剂所不及，这些性质使其成为生物膜研究的重要工具。现已成为一种模型肽，广泛应用于膜作用机制的研究中。