随着蜂毒疗法在我国的推广应用，在它的神奇疗效为人们健康带来欣喜的同时，伴随出现的不良反应却也为大家所苦恼。由于蜂毒成分复杂，含有大量的胺、肽、酶等物质，既有治疗作用，又有引起过敏反应的成分。
蜂刺的不良反应包括局部反应以及全身性反应。局部反应包括局部的红肿、疼痛以及瘙痒，这严重地影响到患者的治疗体验，许多患者因为承受不了这些反应而放弃治疗。为了减轻这些不良反应，在临床上常采用不同的刺入方法和位置，局部冷冻或冰敷的方法或是在治疗前服用或外擦药物来降低蜂刺在局部的不良反应。现市面有售精制蜂毒注射液，将蜂毒干粉经过生化分离除去致痛物质和其它不需要的组分后精制成注射液，其对于人体的局部反应会降低一些。

蜂刺的全身反应包括发热、风疹、淋巴结肿大以及过敏性休克。为减少过敏反应对人体的伤害，在进行蜂毒疗法前先进行皮试，而且蜂毒使用量应逐渐加大，在患者所能耐受范围内。在临床上报道过对蜂毒的过敏反应引起急性重度溶血性贫血、亚急性肝衰竭、急性肾衰竭、结角膜病变。
蜂毒用于治疗疾病的历史悠久，但对其的现代研究却是最近几十年才开始，对其有效成分的分离纯化、作用机理的研究有进一步加强，而且在全国范围的推广有待加强。蜂毒疗效确切可靠，对某些顽疾有着出奇不意的效果，可以对其适用范围进行开发，更多更广地为临床服务。我国是蜂产大国，有很多的蜂产品源，为蜂毒的开发利用提供了产阔的前景。
磷脂酸酶A2、透明质酸酶是蜂毒具有刺激性、变应原性的主要原因，如何降低它的不良反应需要更深入地研究，只有解决了这个问题，才能真正地做到使用的安全、有效，造福于人类社会。