含禁用抗生素、掺假等问题可以算是蜂蜜行业的顽疾，在政府部门的列次抽检中，禁用抗生素问题也屡见不鲜，那些看不见的隐患，在透支着消费者的信任度。
在《食品安全国家标准蜂蜜》（GB 14963-2011）中，对于兽药、农药残留只标注了兽药残留限量应符合相关标准的规定，以及农药残留限量应符合《食品中农药最大残留限量》（GB 2763）及相关规定。
而根据国家农业部公告的《食品动物禁用的兽药及其它化合物清单》中规定，甲硝唑禁用类型为所有食品动物（食品动物是指各种供人食用或其产品供人食用的动物）。此外，硝基咪唑类物质（包括甲硝唑、地美硝唑及其盐、酯及制剂）的原料药及其单方、复方制剂产品不准以抗应激、提高饲料报酬（既每生产单位重量的产品所耗用饲料的数量）、促进动物生长为目的在食品动物饲养过程中使用。
中国农科院蜂蜜研究所质量安全研评室研究院赵静告诉《消费者报道》记者，蜂农在养蜂时会使用抗生素来防止蜜蜂生虫，保证蜜蜂健康。
“有些蜂农在蜜蜂临近产蜜期，仍然使用抗生素，是导致产蜜中含有抗生素，或者超标的原因之一。”她说。此外，若蜜蜂采蜜的环境受到污染，也会导致抗生素残留。
在农业部颁发的《无公害食品蜜蜂饲养兽药使用准则》（NY5138—2002）中规定，甲硝唑片禁止在采蜜期使用。